Manchmal reagiert das Immunsystem nicht nur auf schädliche Erreger, sondern auch auf eigentlich nicht-infektiöse Fremdstoffe. Man spricht hier von einer Allergie, ausgelöst durch Allergene (bezehungsweise Antigene), die beim Kontakt mit dem Organismus von dessen Immunsystem als fremd erkannt werden. Bei einer Allergie handelt es sich um einen Fehler im System, das heißt einer fehlgeleiteten Immunantwort.