Der zweite Zyklus PISA 2003 wird von einem Konsortium durchgeführt, an dem sich Wissenschaftler aus verschiedenen Hochschulen und anderen Forschungseinrichtungen unter der Federführung von Prof. Dr. Manfred Prenzel und dem IPN (Institut für die Pädagogik der Naturwissenschaften) beteiligen. Die Grundkonzeption bei PISA 2003 wird im wesentlichen der von PISA 2000 entsprechen (z.B. Design, Stichprobe, Zielpopulation, Management). Es wird auch eine Reihe von Ergänzungen und Veränderungen geben. Im Jahre 2000 lag der inhaltliche Schwerpunkt auf der Erfassung von Leseverständnis. Mathematik und Naturwissenschaften waren Nebenkomponenten. Bei PISA 2003 ist nun die Mathematik im Zentrum, während Leseverständnis und Naturwissenschaften in kleinerem Umfang untersucht werden.